Die Story in Tales of Xilia 2 spielt ein Jahr nach den Ereignissen des ersten Spiels und verfolgt die Geschichte zweier brandneuer Protagonisten, Ludger Kresnik und Elle Marta, die nach dem Land von Canaan in einer wunderschön animierten, epischen Odyssee suchen, voller schwerwiegender Entscheidungen, Dramen und Abenteuer. Die Figuren des ersten Teils treten wieder auf, und zwar da, wo ihr sie nie erwarten würdet, in einer Story, die euch ganz sicher zum Weinen, aber auch zum Lachen bringen wird.